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2021年6月1日—...才允許登機，且報到前均需填寫「嚴重特殊傳染性肺炎國內線行安旅客健康聲明書」，交航站人員檢視，並於現場櫃臺或自助報到櫃臺（Kiosk）辦理報到 ...

9/10更新：加強防範Delta，9/10起重啟旅客海空入境澎湖快篩。 1. 接種過疫苗者，免快篩。 2. 持3日內快篩或PCR陰性證明，免快篩。 3. 不符免快篩條件者，請在台灣本島機場完成快篩。 4. 無法在台灣本島完成快篩者，入境後請配合快篩。

更新：因疫情趨緩，自8月16日起入境澎湖旅客免篩。

為降低離島防疫壓力，中央流行疫情指揮中心核定，自6月2日起，搭乘華信航空班機，由松山、台中及高雄等機場前往澎湖、金門的旅客，於本島機場將設置篩檢站，有新冠肺炎症狀者需接受核酸檢測、不得登機，搭機前14天有疑似症狀者需接受篩檢，採檢陰性才允許登機，且報到前均需填寫「嚴重特殊傳染性肺炎國內線行安旅客健康聲明書」，交航站人員檢視，並於現場櫃臺或自助報到櫃臺（Kiosk）辦理報到並繳交健康聲明書，同時，也將暫停受理網路報到服務。

另一方面，為免篩檢旅客過多影響航班起降或其他旅客行程，請旅客於航班起飛前90分鐘，攜帶身分證及健保卡至機場，以免延誤搭機。